Agent 接入

让你常用的 Agent 先查流程、看任务和读结果

把 GeniOmics 接到 Codex、WorkBuddy 等 Agent 后,它可以读取组织内可见的流程、任务和结果摘要;分析配置与提交仍在平台里完成。

接入只要三步

把 GeniOmics 接到你的 Agent

准备好访问令牌和组织 ID,在 Agent 里填入 MCP 地址或调用 REST API,就可以开始查询。

GeniOmics 接入口

和平台使用同一套权限

REST、MCP 和平台内 Copilot 使用同一套权限。Agent 只读取平台提供的信息,不需要接触数据库、计算 Worker 或文件存储。

01

准备账号信息

访问令牌 + 组织 ID

02

填入接入地址

MCP 地址或 REST 地址

03

先查流程和数据

确认这个账号能看到什么

三种接入方式

按你使用的 Agent 选择入口

不用改现有分析流程。先接入只读查询,配置和提交继续使用平台现有页面。

推荐

远程 MCP

如果你使用 Codex、WorkBuddy 或其他支持远程 MCP 的 Agent,填入 URL 和两个请求头,Agent 就能自动看到已开放的工具。

通用 HTTP

REST API

如果 Agent 不支持 MCP,就直接调用流程、任务、结果和证据接口。每次请求都带上访问令牌和组织 ID。

平台内置

平台内 Copilot

平台里的 Copilot 也使用同一套权限和接口,所以你在不同入口看到的能力是一致的。

快速接入

三步把 GeniOmics 接到 Agent

把下面的配置交给负责 Agent 的管理员或开发者。接好以后,先用 tools/list 或流程查询测试,不要一上来就提交任务。

  1. 01

    准备访问令牌

    在平台侧创建或领取组织访问令牌,并确认它只能访问目标组织。不要把令牌写进代码仓库。

  2. 02

    配置接入地址

    MCP 用 /api/v1/agent-gateway/mcp;REST 用 /api/v1/agent-gateway。两个请求头都要带上。

  3. 03

    先查清楚能做什么

    先调用 tools/list,或查询 catalog?query=RNA,确认账号权限、返回内容和当前开放的能力。

MCP 客户端配置POST /mcp
{
  "mcpServers": {
    "geniomics": {
      "url": "${API_URL}/api/v1/agent-gateway/mcp",
      "headers": {
        "Authorization": "Bearer ${TOKEN}",
        "X-Organization-Id": "${ORG_ID}"
      }
    }
  }
}
REST 验证请求GET /catalog
curl -H "Authorization: Bearer $TOKEN" \
  -H "X-Organization-Id: $ORG_ID" \
  "$API_URL/api/v1/agent-gateway/catalog?query=RNA"

本地或私有部署需要先设置 AGENT_GATEWAY_READ_ONLY=true,再重启 API。提交、取消和下载等操作继续由平台现有页面完成。

接入后能做什么

先查流程和任务,再决定下一步

Agent 先读取平台已经有的信息,再根据查询结果给你建议,避免凭空猜流程或参数。

01

查有哪些流程

geniomics.catalog.search

按组织权限查看流程版本、需要哪些输入,以及当前是否可用。

02

看任务跑到哪了

geniomics.run.inspect

查看阶段、进度、失败原因和运行清单,不暴露 Worker 或文件存储位置。

03

看结果是否可信

geniomics.evidence.inspect

查看已验证文件、摘要 hash 和稳定引用,下载仍需要平台授权。

平台边界

接入很快,运行仍由平台把关

这页介绍的是可追溯的只读 Agent 接入。Agent 可以查找流程、查看任务和结果证据;配置、提交和下载仍使用平台现有页面。

当前只开放查询,默认关闭

这个接入口需要由部署管理员打开。打开后,Agent 可以查询流程、任务和结果摘要;分析配置、提交和下载仍然使用平台现有页面。

管理员打开开关后,Agent 才能查询流程、任务和结果。
当前 Agent 不能填写或提交分析,也不能直接下载文件。
所有查询都按组织权限执行,并能追溯到运行记录。

数据、分析与报告,放在同一工作区

从你的下一项分析开始

选择内置分析、添加数据,再确认运行设置。已有 Nextflow 项目也可以从导入入口继续。

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